El Dr. Manes se graduó de médico en la Facultad de Medicina de la Universidad de Buenos Aires (UBA), Argentina, y de Master en Sciences en la Universidad de Cambridge, Inglaterra. Como estudiante de medicina recibió el premio "Neurociencias 1992" otorgado por la Asociación Médica Argentina por su trabajo de investigación: "El rol del cuerpo calloso en la transferencia inter-hemisférica cerebral".

Fue también docente de anatomía en las facultades de Medicina y Farmacia y Bioquímica de la UBA.
Realizó la residencia de neurología en FLENI. Luego emprendió su formación en el exterior con un firme compromiso de volver a la Argentina para desarrollar recursos locales a fin de mejorar los estándares clínicos y de investigación en neurociencias cognitivas, neurología cognitiva y neuropsiquiatría. Se capacitó en Neuroimágenes Funcionales en el Departamento de Neurorradióloga del Massachussets General Hospital de la Escuela de Medicina de la Universidad de Harvard (Boston, USA) y realizó el fellowship de neuropsiquiatría en el departamento de Psiquiatría de la Universidad de Iowa (Iowa City, USA), donde también fue docente de neuroanatomía en la cátedra de anatomía. Trabajó como neurólogo e investigador clínico en los departamentos de neurología y psiquiatría de la Universidad de Cambridge y en la Unidad de Neurociencias Cognitivas del Medical Research Council, Cambridge, Inglaterra.

En el año 2001 volvió a la Argentina y logró su objetivo de establecer el Departamento de Neurología Cognitiva y Neurociencias Cognitivas Humanas con un equipo multidisciplinario en FLENI, donde se desempeñó como jefe de la sección Neurología Cognitiva, Neuropsicología y Neuropsiquiatría. Fue también profesor de Neurociencias Cognitivas de la Universidad Católica Argentina (UCA).
El Dr. Manes luego creó y desarrolló el Instituto de Neurología Cognitiva (INECO) y el Instituto de Neurociencias de la Fundación Favaloro. Ambas son consideradas hoy en día instituciones de vanguardia que lideran el campo de las neurociencias en América Latina, convirtiéndose en centros de referencia internacional para la investigación en neurociencias cognitivas.

Facundo Manes ha publicado más de 170 trabajos científicos originales en prestigiosas revistas extranjeras de su especialidad, tales como Brain, JAMA Neurology y Nature Neuroscience y varios capítulos en libros internacionales sobre neurología y psiquiatría como el "Kaplan & Sadock’s Comprehensive Textbook of Psychiatry" (Williams & Wilkins), "Behavior and Mood Disorders in Focal Brain Lesions" (Cambridge University Press) y "Neuropsychology of Emotion" (Oxford University Press), entre otros. El Dr. Manes ha escrito también cuatro libros: 1) “Convivir con personas con Alzheimer u otras Demencias” 2) “Tratado de Neuropsicología” (Editorial Akadia), 3) “Social Neuroscience of Psychiatric Disorders” (Neurociencia social de los desórdenes psiquiátricos), 4) “Usar el Cerebro. Conocer nuestra mente para vivir mejor”.

El Dr. Manes es permanentemente invitado a dar conferencias en distintas partes del mundo y ha participado en prestigiosos foros científicos internacionales como la “Royal Society of Medicine” (Londres) y la "New York Academy of Sciences", entre otros. Fue consultor en Salud y educación de la "Fundación Dana" en Nueva York. Es consultor de revistas científicas internacionales como Brain, CNS Spectrums, Journal of Alzheimer’s Disease, Journal of Neurology Neurosurgery and Psychiatry, Journal of Neurology, Neuropsychologia, Social Neuroscience, Neurology, CORTEX, Psychological Medicine, JINS, American Journal of Psychiatry, Schizophrenia Research, Brain Structure and Function, Human Brain Mapping, Behavioural Neurology, Journal of Clinical and Experimental Neuropsychology, Brain Structure and Function, Behavioral Neurology, Journal of Nervous and Mental Disease, Neuropsychology, Cortex, Neurology, Frontiers Neuroscience, Frontiers in Aging Neuroscience, Frontiers in Dementia, Journal of Alzheimer’s D